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Département

d'Épidémiologie et Santé Globale

Optimisation du protocole de séquençage Nanopore pour la surveillance génomique du virus de la dengue

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Première épidémie de dengue au Tchad, 2023 : Une approche de séquençage basée sur l'amplicon (amplicon de 1500 pb) a été réalisée en utilisant des amorces spécifiques nouvellement conçues pour le DENV par l'équipe de l'INRB.

Le 15 août 2023, le ministère tchadien de la Santé publique et de la Prévention a déclaré une épidémie de dengue dans le district sanitaire d'Abéché, dans la province du Ouaddaï, à l'est du Tchad [1]. Comme rapporté le 19 décembre 2023, il y a eu 2037 cas suspects, dont 100 cas confirmés par le DENV dans quatre provinces (N'Djamena (n=49), Ouaddaï (n=33), Wadi Fira (n=12), et Sila (n=6)).

Le 27 novembre 2023, une équipe de recherche tchadienne du Laboratoire national de biosécurité et d'épidémies (LaBiEp) s'est rendue à Kinshasa (République démocratique du Congo, RDC) avec des échantillons positifs pour le DENV afin d'effectuer un séquençage du génome entier (WGS) à l'aide des plateformes d'Oxford Nanopore Technologies (ONT). Le travail de séquençage a été effectué à l'Institut national de recherche biomédicale (INRB), à Kinshasa.

Une approche de séquençage basée sur l'amplicon (amplicon de 1500 pb) a été réalisée en utilisant des amorces spécifiques nouvellement conçues pour le DENV. Sur 20 échantillons d'ARN positifs, 17 ont été séquencés à l'aide de kits et d'appareils ONT. Nous avons obtenu avec succès 4 génomes complets et 13 génomes partiels des souches DENV circulant au Tchad en 2023. https://virological.org/t/first-outbreak-of-dengue-virus-fever-in-chad-2023/954

 

 

L’INRB a été inauguré le 08 décembre 1984 par le Président François Mittérand et le Premier Commissaire d’Etat Kengo wa Dondo. Il est donc le fruit de la coopération Franco-Congolaise. Il est pour nous le symbole de durabilité d’un projet de coopération qui, après le départ des coopérants, connait un rayonnement national et international.

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